明治新政府は、幕藩体制の崩壊により、中央集権国家の確立を急ぐ必要がありました。太政官、大蔵省など、律令制の頃の名称も復活させました。しかし、実態は律令制のものとはかけ離れています。

王政復古の大号令により、総裁・議定・参与の三職が施行されましたが、当時の明治天皇はまだ年少だったため、補佐する体制が必要になります（それまでは摂生が行っていた）。そこで政体所が公布され、翌年には二官六省制が発足し、太政官と神祇官を置き、太政官の下に各省が置かれました。その後も民部省から工部省が独立したり、刑部省が司法省に改組されたりと、数多くの改変を必要としました。明治中央官制の改革は、明治17年の内閣制度の発足で、ようやく安定することになります。

明治政府の地方行政は、京都・長崎・函館を政府直轄の『府』とし、徳川家を駿府藩に領地を移す以外、以前の藩体制がそのまま続けられていました。しかし、中央集権化による政府の地方支配強化は、必要なことでもありました。そのためには藩の存在は邪魔なものでしたが、藩側でも財政の逼迫が続き、政府が動かなくとも廃藩を申し出る藩が相次ぎました。やがて廃藩置県が実施されて府県制度が設置になり、中央政府から知事を派遣する制度も作られました。旧幕府時代には、独立国でありながら薩摩藩の支配下にあった琉球王国は、廃藩置県の際に日本国家に取り込まれ、琉球藩が置かれることになり、1,879年に正式に沖縄県として編入されました。

廃藩置県などの改革を経て中央集権が整い、旧幕府時代の制度をようやく改革できるときがきました。同時に宮中の改革も行われることになり、旧来の宮中職や女官を廃止、明治天皇を改革君主にふさわしい天皇に養育するため、士族を中心とした侍従らがそれに関わりました。

江戸幕府下の『士農工商』を廃止し、士族として旧武士階級を。指令外を平民として、四民平等を謳いながら、旧公家や大名、一部の僧らには、新たに華族としての特権階級を与えると同時に、宮内省の支配下に置くことにします。学生改革、地租改正、徴兵令、太陽暦の採用、司法制度の整備、断髪令など、数多くの改革が行われました。あまりにも急激に行われたために混乱も生じ、大久保利通の下に設立された内務省によって、諸改革が整理されました。

江戸時代まで祭政一致であったことから、明治に入ってから神仏分離例が出されました。仏教と神道を、習合されていたものから両者を分離するということでした、耶蘇教とされていたキリスト教は引き続き厳禁とされ、キリスト教の指導者や信者は分散移住させられました。1,871年に岩倉具視特命全権大使ら一行が欧米各国を歴訪した際、耶蘇教禁止令が各国で非難を浴び、条約改正の交渉をするうえで障害になるとの報告から、翌年正月に、キリスト教徒赦免の建議をしました。各藩に移住させられた教徒らは帰村が許されました。