織田信長の後を継ぐ者として、着実に成果を上げていた秀吉ですが、年賀の挨拶に来るようにと、信長の次男、織田信雄に命令したことから反発され、対立するようになります。信雄に、秀吉との戦いを辞めるようにいさめていた浅井長時、岡田重孝、津川義冬らの命をとります。秀吉に対しての、事実上の宣戦布告になります。信長の盟友だった徳川家康が、信雄方につき、また、家康を通じて反秀吉として、長宗我部元親や、紀伊雑賀党らが決起しました。秀吉は、伊勢の諸将、関盛信、九鬼嘉隆、織田信包、美濃の池田恒興らを味方につけ、信雄方の武将、尾張犬山城を守る中山雄忠を攻略、峰城も落とし、秀吉方が優勢に戦いが進んでいました。もちろんやられっぱなしの家康、信雄ではありません。すぐに反撃に出ます。羽黒の戦い、小牧の戦いなどを経て、長久手の戦いが起こります。羽柴軍10万、織田・徳川軍は3万だったと言われていて、兵力は圧倒的に秀吉方の方がありました。そんな中、秀吉の甥の三次秀次を総大将に、敗戦で雪辱に燃える森長可、池田恒興らが、三河奇襲作戦を開始します。奇襲部隊であったにも関わらず、行軍は走りが遅く、家康の張った情報網にまんまと引っかかり、徳川軍に反対に奇襲されてしまい、池田恒興親子と森長可らは戦わずして命を落としてしまいます。

1,583年、秀吉は石山本願寺の跡地に大坂城を築きます。城はとても豪華でしたが、一部防御性に問題があり、秀吉も気にしていました。真田信繁（幸村）は、指摘されていた防御の弱い箇所に真田丸と呼ばれる砦を築き、大坂城の防御を強化して、徳川勢を苦しめました。1,585年、正二位・内大臣に叙位・任官されます。そして紀州征伐や四国征伐を行い、関白左大臣・太政大臣を務めていた近衛前久の猶子として、関白宣下を受け、1,586年に豊臣の姓を賜り、遂には太政大臣に就任して、豊臣政権を確立させました。越中国の佐々成政に対して征伐を始めますが、剃髪して秀吉に降伏し、殆ど戦うことなく勝利します。こうして、紀伊、四国、越中を秀吉が平定していきました。

最期の一番の宿敵、後北条氏を下して、遂に天下統一をします。長い戦国の世の中に終止符を打ったのです。後継者として甥の秀次に関白職を譲り、太閤と呼ばれるようになります。東北の南部氏一族と、九戸政実が後継者争いに端を発して反乱を起こします。南部信直の救援依頼を受けた秀吉は、秀次を総大将とした蒲生氏郷、浅野長政、石田三成を主力とした九戸征伐軍を派遣し、東北の諸大名もこれに加わり、6万の大軍になりました。九戸政実と実親兄弟は抗戦するも、圧倒的な兵の数に太刀打ちできずに降伏し、秀次に一族全て斬首されて滅亡します。